در مرداد ۱۳۸۰ و بعد از انتخابات دوره دوم ریاست جمهوری گزارشی از نظرات بعضی شخصیت های حوزه به آقای خاتمی دادیم. بعضی نظرات خیلی منفی بود:
فرزند آیت الله ... به دغدغه های مراجع نسبت به آقای خاتمی اشاره کرده و گفته است: "دغدغه ی مراجع نسبت به ایشان مخصوصا اطرافیان بسیار جدی است. به نحوی که پیشنهاد می شود ایشان به قم نیاید والا مراجع با ایشان ملاقات نخواهند کرد.
این آیت الله زاده، سه مطلب را به آقای خاتمی تذکر داده است:
۱. از باب این که مردم نسبت به ولایت معصومین حساسیت دارند چنانچه در ذهن ایشان مطلبی هست مصلحت نیست ابراز کند.
۲. در انتخاب وزرا از زنان و سنی مذهب ها استفاده ننماید.
۳. در ملاقاتی که اخیرا بین پدرم و ... انجام شد، این طور مطرح شد که ایشان دیگر از آقای خاتمی حمایت نمی کنند.
آقای ... از مدرسان درس خارج گفته است: "ای کاش بخشی از حساسیتی که آقای خاتمی برای دفاع از حقوق مشرکان و کفار دارد، نسبت به روحانیت می داشت." او گفته است: "به نظر من نزد آقای خاتمی ارزش روحانیت از یهود و نصارا کم تر است. چون ایشان در این چند سال بعد از انتخابات با وجود این همه تهاجماتی که نسبت به روحانیت انجام شد هیچ گونه دفاعی از روحانیت نکرده است."
آقای ...، مدرس حوزه و عضو شورای استفتای ... هم ارزیابی جالبی از انتخابات ارائه داده است. به نظر ایشان رأی عمده ی آقای خاتمی را سه گروه تشکیل می دهد:
۱. سنی مذهب ها که از بعضی از بلاد ۹۹% آنان در انتخابات شرکت کرده و به ایشان رأی داده اند.
۲. زنان
۳. رأی اولی ها.
ایشان گفته است که این مطلب دلیل این است که افراد متدین از ایشان حمایت نمی کنند مگر درصد کوچکی از آنان.
ایشان در صحبت هایش گفته است: "بدعت جشن و پایکوبی که به وسیله ی جبهه مشارکت برگزار شد ضربه ی شدیدی به آقای خاتمی وارد نمود. بدین معنی که آنان ارزش های معنوی اسلام را قبول ندارند."